La Reserva Natural Ponta de São Lourenço  se encuentra en el extremo este de Madeira. Gracias a su geología, especial y especies únicas de plantas y la flora y la fauna locales, esta península 9 kilometros de largo ha sido una reserva protegida desde 1982. Además, aparte de su vegetación es también el hogar de muchas especies de aves e incluso de algunas focas monje que en ocasiones se ve jugando en la zona.

Mientras que la Reserva de la Isla Desierta, situado a 22 kilómetros al suroeste de Funchal se encuentra un grupo de islas conocidas como Deserta Grande, Bugio, Chão Islote y Prego do Mar. En 1990, debido a la población de foca monje casi extinta estas islas deshabitadas fueron declaradas reserva natural.

Desde el punto más bajo con sólo 6 u 8 animales en 1989, cuando fueron una de las especies animales más amenazadas en la lista de extinción del mundo, los sellos de seguir efectuando una recuperación increíble con una estimación de 30 individuos en la actualidad. un permiso especial por adelantado es requerido para visitar estas islas, buceo o vela cerca de la reserva no está permitido. Algunas excursiones comerciales están disponibles.

Finalmente, hay que destacar la Reserva Natural Islas Salvajes, que es un grupo formado por tres pequeñas islas deshabitadas; Salvaje Grande, Selvagem Pequena y Islote de Fora, 280 kilometros al sur de Madeira. Estas islas tienen la reserva natural más impresionante y más raras especies de plantas endémicas y, debido a las condiciones de anidación casi perfecta un santuario de aves grandes.

Una autorización especial se requiere para visitar estas islas, a pesar de visitas comerciales están también disponibles.