Con el objetivo de salvaguardar un inmenso patrimonio natural, que es una rareza en todo el mundo, fue creado en 1982, el Parque Natural de Madeira, parque clasificado como Reserva Biogenética, que se puede encontrar una flora y fauna única.

El parque abarca aproximadamente dos tercios de la isla y se define la naturaleza y las reservas parciales, paisajes protegidos y las zonas de ocio. Y entre las zonas protegidas de incluyen :

Reserva Natural Islas desiertas

Las Islas del desierto se encuentran a unos 22 kilómetros al sureste de la ciudad de Funchal. Hoy en día representa el último refugio atlántico para la Foca Monje (Monachus monachus), la foca más rara del mundo.

La presencia de estos mamíferos fue la razón principal para la creación del área protegida de las Islas del Desierto, en 1992, fueron clasificadas como Reserva Biogenética por el Consejo de Europa.

Algunas de las medidas impuestas para preservar la Reserva es la prohibición total de la pesca submarina, tales como la prohibición de la navegación en la parte sur de la misma.

Reserva Natural de las Islas Salvajes

Los salvajes son formadas por grupos de pequeñas islas, Selvagem Grande y Pequeña Salvaje. Están situados a unos 180 kilómetros de la Isla de Madeira.

La Reserva Natural de las Islas Salvajes se estableció en 1971 y es una de las reservas natural más antigua de Portugal.
En poco salvaje islote y el exterior no se ha introducido los herbívoros, por lo que el noventa especies que representan el patrimonio de las flores silvestres, diez son endémicas.

Estas islas se conocen también como un santuario de aves, debido a las condiciones que suponen para las aves marinas anidando.