El Palacio de la Peña está asentado sobre grandes peñascos y presenta una mezcla de estilos arquitectónicos totalmente intencionada. Estructuralmente el Palacio de la Peña se divide en cuatro áreas principales:

- Los cimientos y murallas exteriores (que servirán para consolidar la implantación de la construcción), con dos puertas, una de las cuales está provista de puente levadizo.

- El edificio correspondiente al convento,íntegramente restaurado.Se encuentra en el punto más alto de la colina y ha sido rodeado de almenas y dotado de la Torre del Reloj.

- El patio de los arcos frente a la capilla, con sus paredes de arcos moriscos.

- La zona palaciega propiamente dicha con su baluarte cilíndrico de gran porte,estando su interior decorado en estilo catedralicio,según la moda de la época.El mobiliario y la ornamentación presentes en sus interior, dan una gran muestra de ello.

Con el terremoto de 1755 la capital portuguesa y toda el área que la rodea quedó muy malograda. Dentro de esta área se encontraba la zona de Sintra y el mencionado monasterio. Estas ruinas únicamente conservaban intacta la capilla con un magnífico retablo de alabastro atribuido a Nicolás Chanterenne. Fernando de Sajonia (Fernando II) adquirió el monasterio en 1838 y, junto con este, la enorme propiedad de la montaña de Sintra, dentro de la cual se encontraban diversas villas o el llamado Castillo de los Moros.

La reconstrucción fue lenta y costosa, pero finalmente se convirtió en un recinto exuberante en el cual se pueden contemplar diferentes estilos que van desde el neogótico hasta al neoislámico, pasando por el neorenacimiento y una visión pseudomanuelina que convierten el espacio en un ambiente claramente exótico. Además, en las vertientes de la montaña se construyó un magnífico parque inglés que, junto con el palacio, se convirtió en un icono de la arquitectura portuguesa.