Los hallazgos arqueológicos encontrados en la zona se remontan al Neolítico. Los restos más importantes se encontraron en Moncarapacho y pertenecen al Calcolítico. La abundante pesca la convirtió desde sus orígenes en una pequeña villa de pescadores que vivían en humildes casas de madera próximas a la playa.

Hasta mediados del siglo XX, la pesca y la industria conservera de Olhao continuaban  siendo las principales fuentes de riqueza de la ciudad. Es a partir de los años 60, con el boom turístico del Algarve, cuando la actividad conservera pierde importancia frente al auge del turismo. Fue en el año 1985 cuando la población paso de Villa a Ciudad.