En las colecciones de la Quinta das Cruzes de Funchal se halla una digna de mención es la colección de orfebrería, en particular la bandeja de portugués con un stand de finales del siglo 15 o la Paz “Porta” (pastilla eclesiástica plano) desde el siglo 16.

El museo también tiene una colección de joyas de portugués y europeo, en particular de los siglos 18 y 19, o un núcleo de arte glíptica, con romanos y esculturas modernas, así como apariciones especiales. En la cerámica, digno de especial mención es el conjunto de porcelana china con ejemplos de los siglos 16 al 18, o loza portuguesa de mediados del siglo 17 al siglo 19.

También hay una colección de obras indo-portuguesa de arte, además de algo de portugués-Oriental, con ejemplos de Goa de mediados del siglo 17 y 18, o un gabinete japonés Namban de fines del siglo 16.

En cuanto a la escultura, digna de especial mención es el conjunto de figuras de arcilla de la escena del nacimiento producido en Portugal en particular en el siglo 18, haciendo hincapié en algunos de los cuales fueron producidos localmente, probablemente al mismo tiempo. También digno de mención es el retablo flamenco de la región de Bruselas, en fines del siglo 15.

El Museo posee una colección arqueológica y epigráfica y cuyas partes se derivan de las demoliciones, en particular de Funchal en el transcurso de los siglos 19 y 20, las construcciones del 16 al 19 y los siglos que forman parte del jardín y Propiedades en un montaje con un sabor romántico.

Un único punto de interés para muchos visitantes y huéspedes del museo son las varias ventanas manuelino (estilo de la arquitectura que floreció en Portugal durante el reinado del rey Manuel I, 1495-1521) que están incorporadas en varias partes del jardín después de que fueron rescatados de varios edificios que fueron destruidas ya sea abajo, izquierda o al mal uso descuidado.

 Los visitantes son bienvenidos para admirar las orquídeas, y su método de cultivo, que se recogen y se cultivan a partir de muestras endémicas de Madeira.