El interesante Museo Marítimo es una de las más importantes de Europa, que evoca la dominación de Portugal en los mares. Su colosal exposicion de 17.000 artículos están instalados en el ala oeste del Monasterio de los Jerónimos, e incluyen modelos de barcos de la Edad del Descubrimiento en adelante.

La más antigua exposición es una figura de madera que representa el arcángel Rafael que acompañó a Vasco da Gama en su viaje a la India.

Otros puntos destacados son dos barcazas ceremoniales siglo 18 (una de ellas construida para la reina María I, que se mantuvo operativa durante casi doscientos años, el transporte de pasajeros famosos como Kaiser Guillermo II de Alemania y la reina Isabel II de Inglaterra).

Igualmente se expone el hidroavión “Santa Cruz” que hizo la primera travesía del Atlántico sur en 1922, la mayor colección del mundo de astrolabios, y réplicas de mapas siglo 16 que muestra el mundo tal y como se conocía entonces.

También se expone un globo terrestre 1645 efectuadas por el fabricante mundo más famoso de todos los tiempos, Willem Jansz Blaeu y su interesante muestra de la porcelana y los buques asiáticos y armaduras japonesas siglo 15.