Los extensos y soleados llanos del Alentejo esconden lugares que reflejan la larga ocupación de la población árabe, con sus calles estrechas, casas de una blancura resplandeciente y azulejos decorativos.

Mértola es un claro ejemplo. Todo el pueblo es una especie de museo, exhibiendo los vestigios de las diferentes épocas, desde los fenicios hasta los romanos y los árabes.

Los orígenes de Mértola (la Mirtilis romana, Mirtolah árabe o la portuguesa Mértola) se remontan a los tiempos de los fenicios que crearon un importante puerto comercial, aprovechado, posteriormente, por los romanos y los árabes. Sus testimonios pueden ser admirados en los diferentes núcleos que la constituyeron: Romano, Visigodo e Islámico.

El museo nace como respuesta a la investigación arqueológica llevada a cabo en la región. En 1989 se inaugura la sede con el núcleo museográfico de la casa romana como forma de preservar los vestigios existentes en el edificio Paços do Concelho.

Le seguirá la instalación de la colección lapidaria pre-islámica de la Torre de Menagem do Castelo, la Basílica Paleocristiana, la Ermita y Necrópolils de S. Sebastião y la Oficina de Tecelagem. En el año 2001, se inauguran los núcleos de Arte Sacro, de Forja do Ferrero y el de Arte Islámico.